Намокшие листья в конце лета быстрее поражаются пятнистостями и серой гнилью (ботритис). Это появление на листьях пятен, сначала темно-зеленых, затем коричневых переходящих в белесые. Болезнь идет снизу вверх. Листья повисают и отмирают. Заболевшие бутоны искривляются, стебли переламываются, падают на землю. Для защиты проводят опрыскивание бордосской жидкостью, медьсодержащими фунгицидами или другими. При дождливом лете опрыскивать надо часто, почти еженедельно после высыхания листвы от дождя или росы.

Если листья на лилиях желтеют, а механические повреждения отсутствуют, значит болеет луковица. Луковица, скорее всего, поражена фузариозом (фузариозная гниль донца). Когда растение низкого роста, и листья мельче, чем обычно при достаточном плодородии почвы и хорошем питании, то причиной может быть склероциальная корневая гниль. Фузариоз и склероциальную корневую гниль можно обнаружить только при выкопке луковиц, а затем уже решить: либо лечить медьсодержащими препаратами и пересадить на новое место, либо уничтожить их.